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En tant que seul grand port ouvert au commerce international pendant la période d'isolement du Japon, Nagasaki possède une histoire riche et cosmopolite qui se reflète également dans la cuisine de la ville. De nombreuses spécialités locales ont leurs racines dans différentes parties du monde, notamment la Chine et l'Occident.

Le chanpon est un plat de nouilles d'origine chinoise qui est synonyme de Nagasaki. Le plat varie légèrement selon les restaurants, mais se compose généralement de fruits de mer frits, de porc et de légumes dans un bouillon riche à base d'os de porc et/ou de poulet avec des nouilles. Ce mélange éclectique, parfois apparemment improvisé, a traditionnellement été considéré dans la région comme un repas économique, sain et délicieux.

Sara Udon se traduit littéralement par « nouilles sur assiette » et est un plat dans lequel un mélange de viande et de légumes est placé sur un lit de nouilles croustillantes frites. Comme le chanpon, il a une influence chinoise et varie légèrement d'un restaurant à l'autre.

Autre plat d'origine chinoise, le Kakuni Manju consiste en une épaisse tranche de poitrine de porc placée dans un petit pain moelleux. La viande est mijotée dans de la sauce soja, du dashi, du saké, du sucre et du mirin pendant longtemps à basse température pour la rendre particulièrement tendre. Le Kakuni Manju est servi à la fois comme plat de restaurant et comme street food.

Variant considérablement d'un restaurant à l'autre, ce plat d'inspiration occidentale se compose généralement de riz pilaf et de spaghettis accompagnés d'une escalope de porc panée surmontée de curry japonais. Ce délicieux repas doit son nom, qui se traduit par « riz turc », à la façon dont il représente la rencontre de l'Orient et de l'Occident.

Le dessert emblématique de Nagasaki, la Castella est un gâteau éponge à base de farine, de sucre et d'œufs. Cette confiserie a été introduite à Nagasaki par des missionnaires portugais il y a des centaines d'années et est restée populaire depuis. Le gâteau est aujourd'hui principalement acheté dans les magasins, généralement emballé dans une longue boîte. Il est souvent offert comme souvenir.